Novel visual asalnya memiliki empat buah lagu tema, iaitu tema pembuka {{Nihongo|"Mag Mell"|メグメル|Megu Meru}, tema penutup utama "-Dua Bayangan-" (－影二つ－, -Kage Futatsu-), lagu selitan "Ana", dan tema penutup dan terdapat dallam babak After Story iaitu "Tapak Tangan Kecil" (小さなてのひら, Chiisana Tenohira). Kedua-dua tema pembuka dan penutup dinyanyikan oleh Riya daripada Eufonius, dan lagu selitan nyanyian Lia daripada I've Sound. Enam daripada watak-wataknya mempunyai lagu tema muzik latar belakang; kelima-lima heroin, termasuklah Yukine Miyazawa. Tema Nagisa bertajuk "Nagisa" (渚); tema Kyou ialah "Ianya Seperti Angin" (それは風のように, Sore wa Kaze no Yōni); tema Kotomi ialah "Étude Pour les Petites Supercordes"; tema Tomoyo ialah "Keazamannya" (彼女の本気, Kanojo no Honki); tema Fuko ialah "Cepat, Tapak Sulaiman" (は～りぃすたーふぃしゅ, Ha~rī Sutāfisshu); akhir sekali, tema Yukine ialah "Parti Teh dalam Bilik Rujukan" (資料室のお茶会, Shiryōshitsu no Ochakai).

Album muzik pertama merupakan album vokal imej berjudul Sorakado yang dikeluarkan pada bulan Disember 2003, mempamerkan lagu-lagu naynyian Riya.[31] Album seterusnya, Mabinogi, disertakan bersama-sama keluaran asal Clannad pada bulan April 2004. Runut bunyi judulnya dikeluarkan pada bulan Ogos 2004 yang mengandungi tiga buah cakera dengan tiga puluh enam lagu-lagu berbeza disertakan dengan versi remix daripada lagu-lagu latar belakang termasuklah versi singkat, instrumental dan remix kepada lagu-lagu temanya.[31] Album vokal imej kedua dikeluarkan pada bulan Disember 2004 bergelar Sorarado Append; lagu-lagunya dinyanyikan juga oleh Riya.[31] Sebuah album remix berjudul Momento turut dikeluarkan pada bulan Dissember 2005 bergelar Piano no Mori yang mengandungi lima buah lagu daripada Clannad dan lima daripada Tomoyo After: It's a Wonderful Life.[31] Setiap satu album yang dikeluarkan untuk versi novel visual turut dikeluarkan pada label rekod Key iaitu Key Sounds Label.[31]

Sebuah maxi single oleh Eufonius dikeluarkan pada bulan Julai 2007 untuk filem Clannad berjudul "Mag Mell ~frequency⇒e Ver.~". Single tersebut memiliki sebuah versi remix kepada tema pembuka permainan videonya, dan versi instrumental remix tersebut, disamping sebuah lagu asli. Sebuah album imej berjudul Yakusoku dikeluarkan pada bulan Ogos 2007 mempamerkan sebuah lagu nyanyian Lia, sebuah versi instrumental lagu tersebut, berserta dia buah lagu latar belakang yang digunakan dalam filem itu. Runut bunyi asli filem Clannad dikeluarkan pada bulan November 2007.[32] Album yang dikeluarkan untuk filemnya dihasilkan oleh Frontier Works. Sebuah single dikeluarkan pada bulan Oktober 2007 untuk siri anime pertamanya berjudul "Mag Mell / Dango Daikazoku" yang mengandungi kedua-dua tema pembuka dan penutup kepada animenya dalam ketiga-tiga versi asal, singkat, dan instrumental disamping versi remix kepada "The Girl's Fantasy" (少女の幻想, Shōjo no Gensō), sebuah lagu yang disertakan dalam Sorarado nyanyian Riya.[31] Sebuah single untuk musim kedua siri animenya dikeluarkan pada bulan November 2008 bergelar "Toki o Kizamu Uta / Torch", dan mengandungi tema pembukaan dan penutup nyanyian Lia untuk siri animenya yang kedua.[31] Sebuah album remix yang mengandungi versi susunan piano kedua-dua tema pembuka dan penutup siri anime keduanya dikeluarkan pada bulan Disember 2008 bergelar "Toki o Kizamu Uta / Torch" Piano Arrange Disc.[33] Kedua-dua single siri animenya termasuklah sebuah album dikeluarkan untuk Key Sounds Label.[31]